乳酸菌抑制胃幽門螺旋桿菌生長的機制目前尚未完全明瞭，可能是透過細菌分泌的酸性代謝產物，或分泌抗菌蛋白來抑制胃幽門桿菌的生長；此外，也有人認為抑菌成分是來自細菌菌體內的蛋白質成分。臨床試驗中也發現乳酸菌有效提升胃幽門桿菌的清除率，也可以降低三重療法所引起的副作用。

這顯示無論是單純使用乳酸菌，或是合併三重療法與乳酸菌，都能有效提升胃幽門桿菌的治療成效，故乳酸菌將是抑制胃幽門桿菌的一大利器。或者另一說詞：
(1)競爭營養源及吸附定殖位置，以防止致病菌感染，並減少有害物質及致癌物的吸附。
(2)抑菌代謝物的產生，如有機酸（低pH值）、過氧化氫、抑菌素及去結合性膽酸。
(3)刺激免疫系統，增加抗體或巨噬細胞等活性。

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